キャラ3体のカードを使って戦う。
カードのデッキの編集は自由にできない。
デッキを作成するステージと、デッキを使用するステージがある。
デッキを作成するステージを進めることで、初期デッキから少しずつ中身を変えてデッキを作成する。

※ゲーム中では「デッキ」ではなく「セーブデータ」という単語が使われている
以下の解説はカードゲームとして分かりやすくデッキという言葉で説明しているが、他のページではセーブデータ呼びもあるので混同せぬよう注意されたし

１幕すべて見るには艦長レベルを50まで上げる必要がある。
艦長レベルは主にスタミナ消費でたまり、100スタミナ消費で2000たまる。

作成したデッキ（セーブデーター）の編集素材が手に入る。
理性(報酬と交換するためのチケット)を3つ使って黒い物質3000～6000ほど入手できる。
スタミナ60で理性1つ入手できるため、スタミナ180で黒い物質3000～6000ほど入手できることになる。

エンドコンテンツだが、初心者でも
入場→すぐに脱出…することで、スタミナ30を消費し黒い物質を360手に入れることもできる。
即脱出の場合、スタミナ180で黒い物質2160の入手になるので早く終わるが効率はよくない。

キャラクターやパートナーの強化素材が手に入る。
記憶の欠片(6箇所に付ける装備品)はココでも集めれる。

作ったデッキを使用するステージ。
超空間の流域は２チーム
絶叫の螺旋塔は１チーム
総力戦は３チームで戦う。

デッキを作成するステージ。
ステージを進めて初期カード４枚からデッキを作成する。
曖昧な記憶というptがありそのポイントの範囲でデッキの変更を残すことができる。
デッキの変更がptを超えた場合はptの範囲に入るようにランダムにデッキが修正される。
ptは（カオスのティア数＋２）×10pt
カオスゼロでは難易度が上がるがティア数が上がり、多くのデッキの変更を保存できる。

ゼロシステムは、やりこんでアップグレードが進んでいくと便利な機能が解放される。
管理者モードの識別信号コピーでは、ボス撃破時のカードコピーで戦闘員を指定できるようになる。それによりほとんど欲しいカードをコピーできる。
権限拡張の思考の再構成からは、セーフティエリアでクレジットを消費してひらめいたカードを再度ひらめかせ選び直すことができるようになる。
アップグレードはリセットしても解放した領域は解放されたままになる。
そのため１つに集中して領域を解放させた後リセットし、好きなところに割り振ることができる。（解放に使用した分のアーキテクトはリセットしても戻ってこない。）

「ゼロシステム関連」のページも参考に

※コピーは３回まで　削除は５回まで

共通カードをコピー（３回目）した時は、共通カードの入手で20pt、コピーで40ptで合計60pt増える。
基本カードを共通カードに変更した時は、基本カード削除で20pt、共通カード入手で合計40pt増える。
入手した共通カードを削除した時は、共通カードの入手20ptがなくなり20pt増えた元の状態に戻る。
ひらめいたカードがさらにひらめいて神ヒラメキがついたりはしない。

デッキのページからデッキの編集ができる。
作ったカオスのティアに関係なくデッキ編集でのデッキptの上限は180ptになる。
そのため弱いステージでクリアしたデッキでも180ptのデッキにすることができる。

コピーや削除のコアは入手しにくいが、ヒラメキをつけるコアはやや入手しやすい。
後で編集することを考えつつカオスでデッキの作成をするといい。