カオスアーキテクトという専用素材を使って、カオス攻略を楽にする強化要素を解禁できる。
ヒラメキのやり直し（瞑想）、カードコピー時のキャラ指定など重要な要素もここで解禁できる。
ここで行ったアップグレードは、通常カオス・イベントカオス等でも効果が適用される。

アップグレードはコデックスのクリア状況に応じて3段階で解禁される。
アクセス承認　初期から解放
権限拡張　コデックス難易度6クリアで解放
管理者モード　コデックス難易度9クリアで解放

表示されていない項目は、それより上の全項目を最大まで強化すると解禁できるようになる。
一度一つの段階に絞って強化して解禁しカオスオーブを10個使ってリセットすると、解禁されたままで好きな項目を有効にすることができる。
「バグなのかわからないが、」という、便利すぎて不安の声も出るくらいだったが、長らく手入れされないままなので、始めからそういう仕様なのだろう。
ただし、リセットしてもノードの解禁に使用したカオスアーキテクトだけは戻ってこないので注意。
全ノード有効化に必要なカオスアーキテクトは合計5000。

すべて有効化するにはカオスアーキテクトが合計1000+ノード解禁分50必要。

すべて有効化するにはカオスアーキテクトが合計1475+ノード解禁分105必要。

すべて有効化するにはカオスアーキテクトが合計2200+ノード解禁分170必要。

コデックスで神話グレードのカオスを生成した際、一定確率(40%)で【神の介入】オプションが追加されるようになった。

【神の介入】オプションが追加されたカオスでは、出現した神の種類によってプレイヤーに強力なバフとデバフが付与されるようになるほか、
敵のステータスが上昇しカオスの難易度が上がる。Lv80前後のカオスでもLv120相当？のHPに上昇する。

また、【神の介入】オプションが追加されたカオスでは、セーブデータが作成できなくなる代わりに、クリアした際に神それぞれの固有ストーリー、
通常の4倍のカオスオーブと混沌の結晶が入手できるようになる(ユーザーが一番欲しいであろうコデックスアップグレードの素材…カオスアーキテクトは増えない)。

神のストーリー解禁報酬の石がかなり美味しいので、時間のある方は積極的に固有オプションで遊ぶことを推奨。
固有オプションで付与される神の運命はどの効果も分かりやすく強いので、今までと異なる戦闘体験が楽しめるだろう。セクレドだけ少々扱いにくいか。

余談だが、神ヒラメキではもう1柱ヴィトルという神が存在しているが、2/4のアップデート時点では【神の介入】に実装されていない。

コデックスでシーズン限定の追加仕様が付与される。
シーズン限定装備やシーズン限定カードだったものは固有オプションではなくステージ依存なので、例えば業火の種の固有オプションをつけてもカオスを燃ゆる生命にしなければ胞子採集器は手に入りません。

ペナルティとはコデックスにランダムで付く「最大HP50%減少」みたいなやつの事。
（カオゼロ公式による説明ページ）

コデックスの難易度が上がれば上がるほど効果の強いペナルティが付きやすくなる。
強いペナルティほどカオスクリア時のカオスオーブ（コデックスを再抽選するときに使うやつ）の取得量が増える。

3ターンごとに敵が士気や不屈獲得のペナルティは、場合によると詰む(精鋭やボスで長期戦になると、重なった士気で即死ダメージを食らう、重なった不屈で攻撃が入らなくなる)ので、これらのペナルティをできるだけ避けてコデックスを選ぶのがおすすめ。
「戦闘で手に入るクレジット量減少」　「精鋭エリア追加」　「キャンプで休憩不可」　「敵が倒されるごとに敵の士気1」　「毎ターン開始時HP減少」あたりが弱いペナルティでおすすめ。