カオスアーキテクトという専用素材を使って、カオス攻略を楽にする強化要素を解禁できる。
ここで行ったアップグレードは、コデックス以外の通常カオス・イベントカオス等でも効果が適用される。
ヒラメキのやり直し（瞑想）、カードコピー時のキャラ指定など重要な要素もここで解禁できる。

アップグレードはコデックスのクリア状況に応じて3段階で解禁される。
表示されていない項目は、それより上の全ノードを最大レベルまで強化した上でカオスアーキテクトを使って解禁する。

一度一つの項目に絞って最後まで解禁し、
カオスオーブを10個使ってリセットすれば奥の方の強化項目だけ有効にすることができる。
「バグなのかわからないが、」という、便利すぎて不安の声も出るくらいだったが、長らく手入れされないままなので、始めからそういう仕様なのだろう。
要は、pt振り直しが超安いので、解禁さえすれば好きな項目だけを上げて行く事ができる、という話。

ただし、リセットしてもノードの解禁に使用したカオスアーキテクトだけは戻ってこないので注意。
全ノード有効化に必要なカオスアーキテクトは合計5000。
獲得上限5000を稼げば全ノードの有効化が可能。

すべて有効化するにはカオスアーキテクトが合計1000+ノード解禁分xx必要。

すべて有効化するにはカオスアーキテクトが合計1580(1475+ノード解禁分40+65)必要。

すべて有効化するにはカオスアーキテクトが合計2370(2200+ノード解禁分70+100)必要。

コデックスで神話グレードのカオスを生成した際、一定確率(40%)で【神の介入】オプションが追加されるようになった。

【神の介入】オプションが追加されたカオスでは、出現した神の種類によってプレイヤーに強力なバフとデバフが付与されるようになるほか、
敵のステータスが上昇しカオスの難易度が上がる。Lv80前後のカオスでもLv120相当？のHPに上昇する。

また、【神の介入】オプションが追加されたカオスでは、セーブデータが作成できなくなる代わりに、クリアした際に神それぞれの固有ストーリー、
通常の4倍のカオスオーブと混沌の結晶が入手できるようになる(ユーザーが一番欲しいであろうコデックスアップグレードの素材…カオスアーキテクトは増えない)。

神のストーリー解禁報酬の石がかなり美味しいので、時間のある方は積極的に固有オプションで遊ぶことを推奨。
固有オプションで付与される神の運命はどの効果も分かりやすく強いので、今までと異なる戦闘体験が楽しめるだろう。セクレドだけ少々扱いにくいか。

余談だが、神ヒラメキではもう1柱ヴィトルという神が存在しているが、2/4のアップデート時点では【神の介入】に実装されていない。

ペナルティとはコデックスにランダムで付く「最大HP50%減少」みたいなやつの事。
（カオゼロ公式による説明ページ）

コデックスの難易度が上がれば上がるほど効果の強いペナルティが付きやすくなる。
強いペナルティほどカオスクリア時のカオスオーブ（コデックスを再抽選するときに使うやつ）の取得量が増える。

3ターンごとに敵が士気や不屈獲得のペナルティは、場合によると詰む(精鋭やボスで長期戦になると、重なった士気で即死ダメージを食らう、重なった不屈で攻撃が入らなくなる)ので、これらのペナルティをできるだけ避けてコデックスを選ぶのがおすすめ。
「戦闘で手に入るクレジット量減少」　「精鋭エリア追加」　「キャンプで休憩不可」　「敵が倒されるごとに敵の士気1」　「毎ターン開始時HP減少」あたりが弱いペナルティでおすすめ。